Une étude dans le Douro révèle que le sol exerce l’influence la plus forte sur les microbiomes racinaires de la vigne

Des chercheurs au Portugal ont constaté que les conditions du sol et le porte-greffe de la vigne façonnent tous deux les communautés bactériennes vivant autour des racines dans la Région délimitée du Douro, apportant de nouvelles preuves que le microbiome d’un vignoble est étroitement lié au lieu et au matériel végétal à un moment où le changement climatique exerce une pression sur les régions viticoles.

L’étude, publiée le 11 juin dans Microbial Ecology, a examiné quatre vignobles du Douro, l’une des régions viticoles les plus connues au monde. Les auteurs ont analysé les bactéries de la rhizosphère, les micro-organismes qui vivent dans le sol immédiatement autour des racines, à l’aide d’un métabarcoding 16S sur des échantillons de sol collectés de juillet 2022 à janvier 2024.

Selon les chercheurs, l’influence la plus forte sur ces communautés bactériennes provenait des propriétés physico-chimiques du sol. La teneur en matière organique et le pH se sont distingués comme des facteurs majeurs, contribuant à déterminer à la fois la composition du microbiome et la diversité ainsi que l’abondance des populations bactériennes dans chaque vignoble.

L’étude a également montré que le génotype du porte-greffe jouait un rôle secondaire mais néanmoins important. Les auteurs ont indiqué que le porte-greffe 1103-P était associé à une plus forte abondance de bactéries copiotrophes que R110. Dans leur interprétation, 1103-P semblait recruter un microbiome plus polyvalent et exploratoire, tandis que R110 avait tendance à attirer une communauté plus spécialisée, axée sur une utilisation efficace des ressources.

Ce travail conforte ce que les chercheurs ont décrit comme une hiérarchie écologique dans les sols viticoles. Dans ce cadre, les conditions environnementales agissent d’abord comme principal filtre pour la vie microbienne, tandis que la plante hôte exerce ensuite une couche supplémentaire de sélection. Le résultat, écrivent-ils, est une communauté microbienne hautement spécifique à chaque situation de vignoble.

La recherche a été menée par João Prada, Leandro Pereira-Dias, João A. Santos et Conceição Santos, avec des affiliations comprenant l’Université de Trás-os-Montes e Alto Douro et l’Université de Porto. Les auteurs ont indiqué que leurs résultats contribuent à établir une base de référence pour de futures stratégies de viticulture de précision, y compris d’éventuels bio-inoculants visant à améliorer l’adaptation de la vigne au changement climatique.

Cela pourrait compter au-delà de la science des sols. Pour les producteurs confrontés à des conditions de culture plus chaudes et moins prévisibles, une meilleure compréhension de la manière dont le profil de sol de chaque parcelle et le porte-greffe influencent les communautés microbiennes pourrait aider à faire évoluer la gestion du vignoble d’approches larges et uniformes vers des décisions spécifiques à chaque site. À terme, cela pourrait soutenir des stratégies d’inoculation plus ciblées destinées à améliorer la résilience et la durabilité de la production de raisin.

L’article replace ces résultats dans le contexte d’un risque climatique croissant pour le secteur viticole du Douro. Les auteurs ont noté que des évolutions climatiques sont attendues dans la région et ont indiqué que comprendre comment les traits environnementaux et génétiques modulent le rhizobiome est important pour gérer les vignobles dans des conditions changeantes.

L’étude a été financée en partie par une bourse de doctorat de la Foundation for Science and Technology du Portugal et par le projet VineProtect dans le cadre de PRIMA et de l’Union européenne. Les auteurs ont déclaré n’avoir aucun conflit d’intérêts.