Les microbes de pépinière façonnent les vignes pendant des années

Une étude publiée lundi dans la revue Environmental Microbiome a révélé que les microbes transportés de la pépinière au vignoble peuvent continuer à façonner les jeunes vignes pendant des années après la plantation, en influençant à la fois la santé de la plante et le rendement.

Des chercheurs de l’Université de Californie à Riverside ont suivi, pendant trois ans après leur plantation dans un vignoble commercial près de Madera, en Californie, les communautés fongiques et bactériennes présentes à l’intérieur et autour de ceps greffés de Cabernet Sauvignon et de Chardonnay. Les vignes, greffées sur porte-greffe 1103P, provenaient de deux pépinières et ont été échantillonnées dans cinq compartiments de la plante : la zone de greffe du greffon, la zone de greffe du porte-greffe, le collet, les racines et la rhizosphère.

L’équipe a utilisé un séquençage fondé sur les amplicons pour suivre la succession microbienne au fur et à mesure que les vignes passaient des conditions de pépinière à celles du vignoble. Elle a constaté que les vignes issues de pépinière arrivaient avec des microbiomes endosphériques distincts et que, même si ces communautés devenaient plus similaires avec le temps, elles restaient significativement différentes après trois ans au champ.

L’étude a également montré que le renouvellement microbien était plus rapide sous terre que dans les tissus du tronc. Dans les racines et la rhizosphère, une grande partie des microbes d’origine disparaissait plus vite après la plantation. À l’issue des trois ans, environ 15 % des microbes initiaux étaient encore présents dans les vignes du vignoble.

Les chercheurs ont indiqué que le pathobiome fongique hérité des pépinières était lui aussi encore détectable après trois ans et demeurait distinct des autres communautés microbiennes. Ce groupe comprenait des microbes associés aux maladies vasculaires du tronc et des racines. Les vignes étudiées n’ont pas présenté de symptômes nets de maladie ni de dépérissement pendant l’essai, ce que les auteurs attribuent peut-être au fait qu’elles n’étaient pas soumises à un stress suffisant durant la période d’étude.

Le rendement variait fortement d’une vigne clonale à l’autre, bien qu’elles aient été cultivées dans les mêmes conditions commerciales. Des modèles statistiques ont montré qu’un ensemble relativement restreint de variantes de séquence d’amplicons, ou ASV, expliquait une grande partie de cette variation. Les 10 ASV ayant le plus fort impact représentaient 51 % de la variation du rendement dans les tissus du tronc et 60 % dans les tissus souterrains.

Parmi les 19 ASV associés au rendement identifiés dans l’étude, 16 provenaient des pépinières. Les auteurs estiment que ce résultat met en évidence une influence durable des microbes issus des pépinières sur les performances du vignoble, qu’il s’agisse d’organismes utiles ou nuisibles.

Ces travaux suggèrent que l’étape en pépinière pourrait constituer un moment clé pour gérer le microbiome de la vigne avant la plantation en parcelles de production. Selon les auteurs, cette approche pourrait contribuer à améliorer la résilience des jeunes vignobles et, à terme, soutenir les efforts visant à concevoir des communautés microbiennes bénéfiques tout en limitant les pathogènes.

L’étude a été soutenue par le California Department of Food and Agriculture et menée avec l’appui agricole d’E&J Gallo Winery sur une parcelle expérimentale près de Madera.