Le type de sol est la clé du succès des agents de biocontrôle dans les vignobles

Le secteur agricole a connu une évolution importante vers la réduction de l'utilisation des produits chimiques de synthèse, ce qui a donné lieu à des recherches approfondies sur les agents de lutte biologique en tant qu'alternative dans la lutte contre les maladies des cultures. Ces agents promettent des avantages pour l'environnement, mais leur impact sur les micro-organismes bénéfiques de la rhizosphère et le microbiote indigène du sol n'a pas été largement exploré.

Dans cette optique, une équipe de chercheurs a étudié les effets de deux agents de biocontrôle, Trichoderma atroviride SC1 (Ta SC1) et Bacillus subtilis PTA-271 (Bs PTA-271), sur le microbiote bactérien et fongique des rhizosphères de vigne, ainsi que leur rôle dans les mécanismes de défense des plantes. Utilisant des techniques avancées telles que le séquençage d'amplicons et la réaction en chaîne de la polymérase quantitative en temps réel (qPCR), l'étude a également quantifié la présence de Ta SC1 et de Bs PTA-271 dans la rhizosphère à l'aide de la PCR numérique en gouttelettes (ddPCR).

Les résultats ont révélé que le microbiote fongique était significativement influencé par le type de sol, le traitement de biocontrôle et le temps d'échantillonnage, alors que le microbiote bactérien présentait moins de variabilité en réponse à ces facteurs. La survie et l'établissement des agents de biocontrôle dépendaient du type de sol, ce qui suggère que les propriétés physicochimiques du sol jouent un rôle crucial dans le succès de ces agents. Notamment, les traitements au Ta SC1 ont eu un impact prononcé sur les réseaux de cooccurrence fongique, conduisant à des systèmes plus complexes et plus stables avec des corrélations positives accrues.

Quant aux défenses de la vigne, elles varient en fonction du type de sol, s'avérant plus efficaces dans les sols sablonneux. Cela souligne la complexité des interactions entre les microorganismes dans la rhizosphère et la nécessité de prendre en compte de multiples facteurs - tels que le type de sol, le temps d'échantillonnage et les traitements de biocontrôle - pour comprendre pleinement la structure et la dynamique des communautés microbiennes.

Cette étude, menée par le groupe de recherche BIOVITIS de l'Institut des sciences de la vigne et du vin (ICVV), en collaboration avec l'Université Mendel de Brno (République tchèque), l'Université de Reims (France) et l'Université polytechnique de Valence, a été publiée dans la revue Phytobiomes sous le titre "Establishment of biocontrol agents and their impact on rhizosphere microbiome and induced grapevine defenses are highly soil-dependent" (L'établissement d'agents de biocontrôle et leur impact sur le microbiome de la rhizosphère et les défenses induites de la vigne sont fortement dépendants du sol).

Les implications de ces résultats pour la gestion des vignobles sont importantes. Alors que l'utilisation d'agents de biocontrôle devient de plus en plus courante, la compréhension de leurs interactions avec le microbiome de la rhizosphère peut aider à optimiser leur efficacité et à minimiser les conséquences imprévues. L'étude met en évidence l'importance du type de sol comme facteur critique dans le succès des agents de biocontrôle, suggérant que les gestionnaires de vignobles peuvent avoir besoin d'adapter leur utilisation de ces agents en fonction des conditions spécifiques du sol.

En outre, la capacité du Ta SC1 à améliorer la complexité et la stabilité du réseau fongique pourrait offrir de nouvelles stratégies de gestion de la santé de la vigne. En favorisant une communauté microbienne plus résiliente, les vignobles pourraient être mieux équipés pour résister à divers stress et maladies, ce qui conduirait à des pratiques viticoles plus durables et plus productives.

Les recherches futures devraient continuer à explorer les interactions nuancées entre les agents de biocontrôle et le microbiote du sol dans différentes conditions environnementales. Des études à long terme pourraient permettre de mieux comprendre l'évolution de ces interactions au cours de plusieurs saisons de croissance et dans des conditions climatiques variées. En outre, l'étude des mécanismes par lesquels les agents de biocontrôle influencent les réseaux microbiens et les défenses des plantes pourrait conduire au développement de stratégies de biocontrôle plus ciblées et plus efficaces.

L'intégration de techniques moléculaires avancées, telles que la métagénomique et la métabolomique, sera essentielle pour découvrir les dynamiques complexes en jeu dans la rhizosphère. En améliorant notre compréhension de ces interactions, nous pourrons mieux exploiter le potentiel des agents de biocontrôle pour promouvoir l'agriculture durable et améliorer la résistance des cultures face aux défis mondiaux.

Cette étude pionnière menée par le groupe de recherche BIOVITIS et ses collaborateurs fournit des informations précieuses sur les effets des agents de biocontrôle sur les microbiomes des vignobles en fonction du sol. Les résultats soulignent la nécessité d'une approche holistique de la gestion des vignobles qui tienne compte de l'interaction complexe entre les propriétés du sol, les communautés microbiennes et la santé des plantes. Alors que l'industrie agricole continue à chercher des alternatives durables aux produits chimiques de synthèse, de telles recherches seront cruciales pour guider l'utilisation efficace et responsable des agents de biocontrôle dans la viticulture et au-delà.