Les microbiomes de la maladie du tronc de la vigne sont façonnés par la région et la génétique, selon une étude portugaise

Des chercheurs portugais ont découvert que la composition du microbiome des troncs de vigne atteints de maladies du tronc est fortement influencée par le bagage génétique de la vigne et par la région où elle est cultivée. L'étude, publiée dans Scientific Reports, a analysé 97 vignes symptomatiques de deux cultivars portugais populaires, Touriga Nacional et Aragonez (également connu sous le nom de Tempranillo), dans huit grandes régions viticoles. L'équipe de recherche a utilisé le séquençage de nouvelle génération pour examiner les communautés fongiques et bactériennes présentes dans les troncs de ces vignes.

Les maladies du tronc de la vigne constituent une menace importante pour les vignobles du monde entier, car elles provoquent la pourriture du bois, une baisse des rendements et, finalement, la mort des vignes. Ces maladies sont causées par un groupe complexe de champignons qui colonisent les tissus ligneux, y compris le tronc, les bras et parfois les racines. Lorsque des symptômes tels que la nécrose du bois, le bras mort, les feuilles rayées et le dépérissement apparaissent, les plantes infectées doivent souvent être éliminées afin d'éviter toute propagation.

Malgré les efforts déployés par les producteurs pour lutter contre les maladies du bois par le biais de traitements chimiques, d'une meilleure hygiène, de pratiques de taille et d'agents de biocontrôle, les pertes restent élevées. Comprendre comment le microbiome - la communauté de micro-organismes vivant à l'intérieur de la plante - change en réponse à la maladie pourrait aider à développer de nouvelles stratégies de contrôle de la maladie.

L'étude a montré que la région où les vignes sont cultivées a un impact majeur sur les types de microbes présents dans les troncs malades. Des facteurs environnementaux propres à chaque région semblent déterminer les bactéries et les champignons qui se développent à l'intérieur des plantes. Le génotype de la vigne a également joué un rôle clé : Le Touriga Nacional a montré des changements plus prononcés dans le microbiome de son tronc que l'Aragonez lorsqu'il est affecté par la maladie.

Les chercheurs ont prélevé des échantillons de sciure de bois sur les troncs symptomatiques et ont séquencé l'ADN fongique et bactérien. Ils ont découvert que trois familles de champignons - les Phaeomoniellaceae, les Togniniaceae et les Botryosphaeriaceae - dominaient les échantillons. Ces familles comprennent des genres tels que Phaeomoniella, Phaeoacremonium, Neofusicoccum, Diplodia et Botryosphaeria, tous connus pour être associés à des MTE comme l'Esca et le dépérissement dû à Botryosphaeria. La plupart des vignes étaient co-infectées par des agents pathogènes des deux groupes de maladies.

L'étude a également examiné d'autres facteurs tels que l'âge de la vigne et le porte-greffe, mais a constaté qu'ils avaient moins d'influence sur la diversité du microbiome que la région ou le cultivar. Cependant, ils ont observé que différentes combinaisons de ces facteurs conduisaient à des communautés microbiennes distinctes à l'intérieur du tronc.

En plus de répertorier les microbes présents, les chercheurs ont examiné les interactions entre ces organismes. Ils ont trouvé des preuves que certains genres microbiens peuvent entrer en compétition avec les pathogènes GTD à l'intérieur du tronc. Cela suggère que certains microbes endophytes - ceux qui vivent de manière inoffensive dans les tissus végétaux - pourraient être utilisés comme agents de biocontrôle pour supprimer les champignons pathogènes.

Ces résultats mettent en évidence la complexité des interactions entre les plantes et les microbes dans les vignobles et suggèrent que les conditions environnementales et la génétique de la vigne doivent être prises en compte lors de l'élaboration de stratégies de lutte contre les maladies du tronc. La recherche offre de nouvelles perspectives sur la manière dont les différences régionales et les caractéristiques des plantes façonnent le paysage microbien interne des vignes souffrant de maladies du tronc.

Cette étude à grande échelle est l'une des premières à examiner comment de multiples facteurs - y compris la région, le cultivar, l'âge et le porte-greffe - influencent le microbiome des troncs de vigne malades en utilisant des méthodes avancées de séquençage de l'ADN. Les résultats pourraient éclairer les efforts futurs visant à sélectionner des vignes plus résistantes ou à mettre au point des traitements microbiens ciblés pour les maladies de la vigne.

Les travaux ont été menés par une équipe de scientifiques du Portugal et d'autres pays européens, spécialisés dans la pathologie végétale et la microbiologie. Leur recherche apporte des connaissances importantes sur la façon dont la santé de la vigne est liée à sa communauté microbienne interne - un sujet d'intérêt croissant car les vignobles sont confrontés à des défis de plus en plus importants liés aux maladies et à l'évolution des conditions climatiques.